Jón Þór Hauksson byrjaði vel með íslenska kvennalandsliðið í sínum fyrsta leik í undankeppni EM sem þjálfari liðsins. Ísland sigraði Ungverja 4-1 en staðan í hálfleik var 1-1.
Fyrri hálfleikurinn var ekki góður að mati þjálfarans og brýndi hann raust sína í hálfleiksræðunni á Laugardalsvelli. „Ég var brjálaður og það voru smá læti í hálfleik,“ sagði Jón Þór í viðtali við RÚV eftir leikinn.
„Leikmenn Íslands fá hrós fyrir að bregðast virkilega vel við. Mér fannst við sýna karakter og liðsheild líka.“
Hallbera Guðný Gísladóttir lagði upp fyrsta mark leiksins en Skagakonan sem leikur með Val var að venju í byrjunarliði Íslands.
Ísland leikur næst gegn Slóvakíu á heimavelli á mánudaginn í undankeppni EM. Lettland og Svíþjóð eru einnig í þessum riðli.
Jón Þór tók við sem þjálfari A-landsliðs kvenna í október 2018. Hann tók við af Frey Alexanderssyni. Á sama tíma var Ian Jeffs ráðinn aðstoðarþjálfari. Samningar þeirra eru til tveggja ára.
Jón Þór þjálfaði lengi vel hjá ÍA, var aðstoðarþjálfari hjá meistaraflokki karla ásamt því að þjálfa 2. og 3. flokk karla um árabil. Einnig var hann yfirþjálfari yngri flokka félagsins frá 2013-2017.
Haustið 2017 var Jón Þór ráðinn sem aðstoðarþjálfari hjá meistaraflokki karla hjá Stjörnunni, en þar varð hann bikarmeistari með félaginu.